En 2015, en la revista Marine Ecology, se hizo un estudio de los cambios entre 2000 y 2006 en los arrecifes coralinos de Mahahual, Quintana Roo. Se demostró que el Caribe mexicano poseía hasta un 70% de macroalgas en relación a otras barreras de arrecife que no llegan al 40%. También se observó el declive de la población de especies de peces asociados a los corales debido a la construcción de un muelle para cruceros turísticos que hizo que se talara manglar y redujera la cobertura de corales, degradando el arrecife para obtener arena y crear una playa,  una zona urbana y hoteles.

El proyecto, con la intención de convertir Mahahual en un sitio turístico, ha hecho que la zona pasase de contar con 3 hoteles en el año 2000 a 31 en 2006, además de restaurantes y zonas urbanas para atender a los turistas.

El cambio del uso del suelo para crear infraestructura turística hizo que más de 85 hectáreas de vegetación costera se perdieran, así como 43 hectáreas de coral y 40 especies de peces asociados. El pez león, una especie invasora e introducida al hábitat por el ser humano, ocasionó la desaparición de 20 de estas especies de peces.

En Mahahual se encontraba hasta hace poco una de las barreras de arrecifes coralinos más grandes y mejor conservadas del Caribe mexicano. Pero se está produciendo un cambio de fase coral-algas en el arrecife que está fomentando un incremento de las macroalgas que sobrecrecen en la cobertura de los corales interfiriendo en su crecimiento y fecundidad, y a veces ocasionando incluso su muerte.

Esto es consecuencia de la llegada al mar de nutrientes, desechos arrojados por cañerías y un ineficiente sistema de drenaje, un efecto asociado al desarrollo inmobiliario.

Aparte de esto, hay que señalar  que se sufre una acumulación de desechos mundiales de plástico, vidrio, metal y materiales no biodegradables que rompen el equilibrio ecológico marino y terrestre poniendo en riesgo y peligro de extinción la flora y fauna.

Ya en abril de 2016, unos bañistas encontraron un pedazo de metal en las playas de Mahahual, que parecía tratarse de material satélite o de un avión (vídeo).