Las islas mas importantes y turísticas de este Parque natural son las Islas Cíes, un idílico paisaje de arenales vírgenes en la boca de la ría de Vigo. En el verano de 2017  cuatro de las navieras que viajan a las islas sobrepasaron los limites de carga establecidos en diferentes dias del mes de agosto, causando el caos entre los turistas y poniendo en riesgo el especial y delicado ecosistema de las islas. Las navieras aprovecharon la afluencia masiva de turistas para vender muchos más billetes de los permitidos. Hasta que fueron denunciadas y sancionadas por la Xunta.

En las Islas Cies el cupo diario es de 2.000 visitantes para el transporte regular, otras 200 personas en visitas organizadas y 800 para ocupar instalaciones del camping, detectándose que con la venta irregular de billetes el número de viajeros excedió en 4.000 personas el límite fijado

En 2018 la entidad ecologista Verdegaia alertó de que varias navieras estaban desviando pasajeros desde las islas Cíes a las Isla de Ons para evitar superar allí el límite legal, y que por tanto se estaba volviendo a incumplir la normativa y superando el limite de carga, en este caso saturando la Isla de Ons.

Gran parte del problema de esta reserva medioambiental protegida radica en la falta de aprobación del Plan Rector de Uso y Gestión del Parque Nacional, un documento esencial para el correcto funcionamiento y protección de este espacio, que sirve, entre otras cosas, para fijar los límites a la explotación de recursos turísticos y pesqueros. que permanece congelado desde el año 2011.